1.先天性乳糖不耐受：因遗传因素导致小肠绒毛无法分泌乳糖酶，这种类型比较少见。
2.继发性乳糖不耐受：由于各种原因到导致的肠粘膜受损，都可以使得体内乳糖酶分泌暂时性降低，继而出现乳糖不耐受，最常见原因如：各种腹泻（轮状病毒感染，病菌感染，饮食不善，受凉等原因引起）、小儿腹泻是我国婴幼儿常见病、多见病，有文献报道婴幼儿腹泻期间乳糖不耐受的发生率高达62、5%。对于小儿来讲，春、秋季多发性腹泻、细菌性腹泻会引起肠胃功能的暂时低下，乳糖酶分泌减少或活性降低，持续饮奶会引起继发性乳糖酶缺乏营养不良、肠粘膜的慢性炎症。
3.胃肠手术、抗生素的使用：大剂量服用头孢类、类抗生素后也会引起继发性乳糖酶缺。
4.抗生素的滥用、营养不良等。