国库集中支付是以国库单一账户体系为基础，以健全的财政支付信息系统和银行间实时清算系统为依托，支付款项时，由预算单位提出申请，经规定审核机构（国库集中支付执行机构或预算单位）审核后，将资金通过单一账户体系支付给收款人的制度。
1. 实行国库集中支付制度，首先要改革财政部门现行的机构设置和现行的财政核算体系，建立国库支付中心、会计核算中心、政府采购部门有机结合的支付体系，确立预算审核、资金支付、监督管理为一体的预算机构设置和管理体制。
2. 根据国库集中支付制度的基本内容和国外经验，应当建立单一账户和分类账户相结合的账户体系，实现集中资金、集中核算、集中支付。现阶段我国应在坚持资金使用权和审批权不变的前提下，取消各预算单位原来的一切账户，由国库集中支付中心在人民银行开设“国库单一账户”，将所有政府财政资金都存放于该账户，并在预算单位需要实际支付时，将资金从国库单一账户直接拨付供应商。
3. 在此之前，资金应该始终存放于国库单一账户中。与此对应的是建立国库分类账册管理体系，即在国库单一账户下为每个预算单位都设立支出总账和分类账，记录它们各自的预算执行情况和资金使用情况。政府的财政预算部门每年给预算单位下达预算指标，并审批预算单位提出的用款申请，委托支付中心办理具体的支付手续。
4. 按照这种资金管理方式，政府财政资金支付都在国库单一账户体系下统一进行，财政预算部门还要在商业银行开设零余额账户，并为预算单位开设零余额账户，通过零余额账户，对政府财政资金采取财政直接支付和财政授权支付两种方式支付到商品和劳务供应商。
5. 财政直接支付制度是按照部门预算和用款计划确定的资金用途和用款进度，根据用款单位申请，由财政部门将资金直接支付到商品、劳务供应者或用款单位。财政授权支付是根据部门预算和用款计划确定的资金用途和用款进度，由预算单位自行开出支付令将资金支付到商品、劳务供应者或用款单位。商业银行代理支付的财政资金，每日与财政部门开设在中国人民银行的国库单一账户进行清算。