以往我们总会认为羊水栓塞是因为「羊水或胎儿组织塞住母亲的心肺」所造成，不过这并不能解释「母亲为什么会在很短的时间之内，迅速心肺衰竭、无法凝血」。
医学界目前普遍认为，羊水进入母体的多寡其实不太重要，主要是母亲本身对于羊水的反应所影响。
整个病程与药物过敏引起突发性休克的反应极为相似，进展快速且很难事先预测，因此有些人将「羊水栓塞」改称为「羊水过敏症候群」，推测是胎儿某些分泌物、毛发与皮脂等诱发母体中过敏反应所致。
迅速而猛烈的发炎反应，可能导致心肺功能下降，伤害到脑细胞；又因血小板急速凝集，消耗凝血酶原，因此破坏了整个凝血机制。不过关于羊水栓塞的详细机转，目前则尚无定论。