一般是不会有什么影响的，但也有人认为会影响到硝化菌的生长，因为活性炭会吸附水中的有机物。不过硝化细菌是自养菌，能量供应以无机物为主，且活性炭也能培菌，异养菌直接在活性炭里面就能分解有机物，形成硝化细菌所需原料，硝化细菌培菌是大规模水处理常用材料。
根据化学特性，活性炭绝对不会影响菌群，不管是有益菌还是有害菌。据物理特性，活性炭培养硝化细菌的能力是市面上大部分细菌屋的几倍以上。活性炭饱和后，碳孔中充满细菌，然后被堵塞，氧气不足，细菌成批死亡，细菌尸体污染了水。效果越饱和，效果越明显。此外，它吸附的杂质不会消失。它将缓慢流出，因此需要定期更换活性炭。