标记基因位于质粒启动子下游，多克隆位点上有。标记基因是一种已知功能或已知序列的基因，能够起着特异性标记的作用。在基因工程意义上来说，它是重组DNA载体的重要标记，通常用来检验转化成功与否；在基因定位意义上来说，它是对目的基因进行标志的工具，通常用来检测目的基因在细胞中的定位。
通过将可定位检测的标记基因与目的基因进行连锁，当成功转化目的基因，该基因同时又成功表达后，既可间接对其进行定位；或者已知目的基因周边序列，通过针对这些序列设计可插入标记基因，继而对该标记基因进行检测，也可间接对目的基因定位。