有些人认为使用口腔清洁漱口水就能使口腔清洁了，其实漱口水虽然具有抑菌杀菌功能，但是若没有先把牙齿刷干净就用漱口水，那么漱口水防蛀牙的效果就非常有限了，残留于牙间隙和牙龈沟或者牙周袋内的细菌仍然会迅速繁殖。研究证明，一个细菌每3小时就可以繁殖一代。
此外，有些漱口水里含有的药物成分比牙膏里的药物成分还要高，常用漱口水可能导致口腔菌群失调，从而引发更多口腔疾病的发生。另外，有些漱口水可以使牙齿、舌苔着色，甚至可以引起可恢复性味觉消失。
因此，专家建议，牙周病人应在口腔专业医生指导下有针对性地使用治疗性漱口水。此外，保健性漱口水也不要长期使用，在每次使用漱口水后要用清水再漱口，避免药物残留。