困扰1、排尿不便
倘若只是轻度的尿道下裂，尿道开口位于龟头或是冠状沟附近，有可能排尿可自行控制，对于生活并无大碍。
但若为重度的尿道下裂，因无法正常一直线的排尿，而是呈现伞状散开，导致尿湿衣物的窘境，只好采坐姿尿尿，若上了幼儿园或小学，可能招致异样眼光，造成心理伤害。
困扰2、传宗接代
若是尿道开口位置异常，对于性生活的影响并不大，但倘若阴茎弯曲太厉害，可能造成精子无法冲过尿道，对于将来的性生活也是会有不良的影响，甚至其生育能力也受到损害。
困扰3、心理伤害
因尿道下裂而排尿不顺，将可能造成心理伤害。与正常人比较，接受尿道下裂手术患者的自我认知、性别角色行为以及第一次性经验、对于性的态度并无差异，因此建议面对尿道下裂应正面妥善处理之。
可能合并其他异常
尿道下裂有可能会合并其他泌尿器官的异常，以隐睪症最为常见，将来可能会有性功能障碍的问题。
而合并严重异常则较少见，如：心脏病、无肛症，就需要进行膀胱、肾脏、输尿管等详细泌尿系统的检查。