生酮饮食在2型糖尿病患者的稳定血糖和减肥方面确实存在比较理想的效果，但是，不是所有人都能生酮饮食治疗糖尿病或者用于肥胖治疗，比如心、肝、肾疾病或者功能不全者，高尿酸血症者，胆囊炎，胆结石，肾结石，脂肪相关代谢酶缺陷，卟啉症，原发性肉碱缺乏，血糖控制不佳出现糖尿病并发症。
而且长期采用生酮饮食减肥会造成不良的健康影响——
1.生酮饮食因碳水化合物极度缺乏导致大脑中葡萄糖供应不足，容易出现头晕、乏力、思维迟缓和记忆力减退等症状。同时导致微量元素和纤维素摄入量降低，造成身体营养元素缺乏。
2.生酮饮食增加了酮体的产生，同时蛋白质转化成葡萄糖时，增加了肝脏将蛋白质的代谢废物转化为尿素，之后肾脏需要把尿素、酮体排出。所以肝肾功能不好的人，不建议尝试生酮饮食。
3.长期生酮饮食当心酮症酸中毒，脂肪在人体内分解代谢需要葡萄糖协调。当摄入碳水化合物含量不足时，草酰乙酸供应减少，导致脂肪酸不能彻底氧化从而产生过多的酮体，最后造成酮症酸中毒。