1. 疫病烂果
由辣椒疫霉菌引起真菌病害。从苗期到成株危害果实，果实发病多从蒂部开始，病斑水渍状向果面发展，似水烫状，灰绿色，后变灰色软腐，有稀疏的白霉。气温28到30℃、空气湿度大易发此病。
防治：育苗期间和田间定植后应喷保护性药剂，如用70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液7到10天喷1次。
2. 炭疽病烂
炭疽病烂果除真菌侵染外，种植密度大，施用氮肥过多会引起此病，并加重该病的发生。
防治：合理密植，做好配方施肥，注意排水及通风排湿。药剂防治上可用70%甲托可湿性粉剂500到600倍液防治。
3. 软腐病烂果
软腐病烂果多在近果柄处发生，在萼筒周围发生很小的水渍状暗绿色的病斑扩展后整个果实变白，绿色，软腐，果实内组织腐烂，病果呈水泡状。
防治：用72%农用链霉素4000倍液或DT杀菌剂500倍液7天叶1次，连喷2到3次。