毒蘑菇种类繁多，所含毒素复杂。一种毒蘑菇多含有多种毒素，同一种毒素也可出现在不同种、属蘑菇中。多数毒蘑菇的毒性较低，中毒表现轻微。但有些蘑菇毒素的毒性极高，可迅速致人死亡。
目前，已知毒素种类有限，根据毒素结构和毒性可分为环肽类、奥来毒素、毒蕈碱类、鬼伞素。平菇、毒沟褶菌等有报道具有心脏毒性，可导致猝死。部分马勃菌可导致过敏性肺炎；杯伞菌中毒可引起红斑性肢痛。毒性较强的毒素有以下几种：毒肽主要损害肝脏；毒伞肽引起肝肾损害；毒蝇碱作用类似于乙酰胆碱；光盖伞素引起幻觉和精神症状；鹿花菌素导致红细胞破坏。