鳄龟在年龄很小，尤其是处于幼龟阶段的时候，是无法区分公母的，因为此时公母的区别特征还不显著。一般要在鳄龟体重1kg以上的时候，可以区分出公母。公龟和母龟的腹甲有很大的差异，如果腹甲有明显的凹陷痕迹，那么就是公龟。如果是看起来比较平坦、光滑，那么就是母龟。
公龟和母龟的尾巴也有很大的区别，公龟的尾巴一般会比较长，而且比较粗大。母龟正好相反，比较短，也比较细小。它们排泄孔形状的区别是，母龟的排泄孔是圆形的，公龟的排泄孔则是细长的。排泄孔跟腹甲的距离也是有差异，公龟的排泄孔距离腹甲是比较远，母龟的排泄孔距腹甲则比较近。
鳄龟的年龄还比较小的时候，可以将公龟和母龟放在一起养，在它都成年了之后，最好不要放在一起养，它们的体型比较大，需要一个非常大的容器，不然空间就会不足，不利于它们的生长发育。