西九龙高铁站上下一共七层（含BM层），从上之下分别是：L2层是天空走廊观景台，可观赏维港对岸和西九龙的风景；L1层是行人天桥，有港铁柯士甸站和九龙站的出入口；G层是地面层，巴士落客区以及大面积的绿化空间。
B1M及B1层是餐厅及票务大堂及离港大厅，票务大堂有很多取票机器，大陆游客在网络上购买的高铁票，可以在此凭身份证取票，但是过关的时候还是需要港澳通行证的，持卡游客可以在自助通关机器上刷卡过关，减少排队压力；B2层是抵港大厅及停车场、的士站；B3M及B3层是行人隧道及离港大堂；B4层是车站月台。