珍珠是长在珍珠蚌的那块肉的表面的。珍珠是珍珠贝的外套膜部分细胞在结缔组织内形成的珍珠囊所分泌的珍珠质不断积累而成的。
当珍珠母贝和蚌贝在水中生长时，若偶然遇有细微的砂粒或较硬质的生物窜入壳中外套膜内，外套膜受到刺激后，殊感不适，遂分泌真珠质逐渐包围由外窜入之砂粒或生物，并日益增大成为珍珠。
贝壳的基本结构主要分为三部分，最外层是由硬质蛋白组成的角质层；中间为方解石或文石晶体组成的棱柱层，主要为贝壳提供硬度和耐溶蚀性；最内层为珍珠层，主要为贝壳提供硬度和韧性，一般由方解石或文石等CaCO3矿物(无机相)和有机质(有机相)组成。