目前流传着很多不同的慈禧的死因，许多史料记载是下面这种：
患痢疾腹泻不止而最终衰竭而死。
从《慈禧外记》及《内起居注》记载分析，慈禧之病由痢疾引起，而且逐渐加重，其病症并无必死的迹象。另从脉案记录分析，御医对慈禧之病，用药一直较平和，并且主要由太医院主治，从未召外地名医入宫应诊。这说明慈禧并未病入膏肓。反之，从她不断发布懿旨的背景内容来分析，她仍要继续把握清廷大权。由此可见慈禧所患是慢性病，导致病重是”因前数日感触劳乏，以致旧病复发”突然死去的。
以上所记慈禧病亡经过，基本史实是可信的。至于慈禧之死和光绪帝之死有无必然联系，还需待不断的研究与考证。