非法运营车辆处罚标准为：有违法所得超过２万元的，没收违法所得，处违法所得２倍以上１０倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足２万元的，处３万元以上１０万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
根据我国《运输管理条例》第六十四条规定，违反本条例的规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得２倍以上１０倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足２万元的，处３万元以上１０万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
法律依据：
《中华人民共和国道路运输条例》第六十四条
违反本条例的规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。