农村合作医疗保险可以跨市报销，但只有住院才能报销，去门诊是不能报销的。
凡在县外打工、暂住人员住院（含转院）的，应先报告户口所在地中心卫生院或由指定的卫生院（所）备案（急诊病人可在入院后72小时内报告），返乡后（一年内）持相关资料办理补偿。需要的材料：出院带诊断证明、费用清单、住院结算单、病历复印件、身份证、合作医疗。
办理流程：
1. 带患者身份证、两张一寸彩色照片、新农合医疗证到县合管办办理转诊备案手续。
2. 携带患者身份证、新农合医疗证和转诊备案手续到转诊医院就医，办理新农合住院手续。
3. 出院后，凭患者本人身份证(或户口本)、新农合医疗证、病历复印件、住院结算单(有的是发票形式的)、住院费用清单、转诊备案手续到合管办报销。