牙结石的治疗主要分为两方面：一方面是对菌斑的控制，以减少牙结石的形成和细菌对牙龈的侵害；另一方面用洁治的方法清除附着在牙齿表面的牙结石，防治结合才能更好的达到治疗效果。
龈上洁治术是清除龈上菌斑和牙石的主要方法，常用洁治术的机械主要有手用洁治器和超声波洁牙机两种。因为用超声波洁牙机可以用更少的时间达到和手动洁治器相同的治疗效果，所以临床常使用超声波洁牙机进行治疗。
医生用超声波洁治器在附着牙结石的牙面来回移动，利用超声波振碎牙结石，同时会有水雾不断喷出，将振碎的牙结石冲洗干净。
牙齿上色素沉淀严重者还需要进行喷砂、抛光，以去除牙面上细小的牙结石碎屑和残留的菌斑、色素，达到减少牙菌斑和牙结石再次附着牙面的目的。