纳税人自行开具增值税发票时，通过新系统中差额征税开票功能，录入含税销售额(全部价款和价外费用)和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额，备注栏自动打印“差额征税”字样，发票开具不应与其他应税行为混开。
在《增值税纳税申报表附列资料（一）》中，按增值税发票（含增值税专用发票、增值税普通发票，下同）开具金额、税额填入第5行第1和第2列、第3和第4列的“销售额”、“销项(应纳)税额”；将代为支付的费用填入第5行第12列“服务、不动产和无形资产扣除项目本期实际扣除金额”。
在《增值税纳税申报表附列资料（三）》中，按增值税发票价税合计填入第3行“6%税率的项目（不含金融商品转让）”第1列“本期服务、不动产和无形资产价税合计额（免税销售额）”；将代支付的费用填入第3行第3列“本期发生额”栏次。