事业单位专用基金是指事业单位按规定提取、设置的有专门用途的净资产。
来源的特定性，按规定主要从事业收入和经营收入以及单位结余中提取形成；用途的特定性，按规定用途使用，专款专用，专门用于固定资产的维修与购置、职工集体福利设施与待遇、职工公费医疗开支等。
分为职工福利基金、医疗基金、修购基金等种类。
职工福利基金按规定从单位结余和收入中提取形成，专门用于职工集体福利设施、集体福利待遇、职工个人生活困难补助等开支； 医疗基金按当地财政部门规定的公费医疗开支标准从单位收入中提取形成，专门用于职工公费医疗开支； 修购基金由单位事业收入和经营收入中提取以及固定资产残值变价收入转入形成，专门用于固定资产的维修购置开支。