拔甲是治疗灰指甲最快最有效的方法，然后外用抗真菌药物，如卢立康唑乳膏、联苯苄唑凝胶、咪康唑乳膏、酮康唑乳膏，疗程4-6周，随访观察效果后。同时必须服用口服抗真菌药物，如特比萘芬片2片，每日1次，1个月为一个疗程，或伊曲康唑胶囊，每日200毫克，1个月为1个疗程，每天1次。
特比萘芬片和伊曲康唑可能对肝肾功能有一定影响。应定期进行肝肾功能检查。如果肝肾功能有变化，应立即停药。拔完指甲后不要弄湿伤口部位，注意脚部的个人防护，每天清洁非指甲部位，每天一次，清洁后迅速擦干脚部。定期清洁可以预防真菌感染，也可以用中药治疗。