1. 按培养基的物理性质，培养基可以分为液体培养基、固体培养基和半固体培养基三类。液体培养基:液体培养基的基质成液体状态，不含有凝固剂，主要用于工业生产。固体培养基：固体培养基的基质成固体状态，加入了琼脂等凝固剂，主要用于微生物的分离、鉴定和菌种保藏等。半固体培养基:半固体培养基的基质是半固体状态，加入了凝固剂，主要用于观察微生物的运动和分类鉴定等。
2. 培养基按照化学成分可以分为天然培养基和合成培养基两大类。天然培养基:天然培养基的化学成分不明确，主要用于工业生产。合成培养基:合成培养基由化学成分已知的化学物质配制而成。