1. 维权上有区别：
如果不法开发商违规建造房屋被举报查处，双证购房者可以正常维权，而单证购房者无法维权，因为无法证明此处土地归属，只能承认损失。
2. 转售房屋上有区别：
只有单证的是不能进行二手房交易的，只有双证才可以。《城市房地产管理法》规定，房地产上市交易，必须出示房屋所有权证和国有土地使用权证。
3. 拆迁赔偿上有区别：
证的不同，拆迁赔偿也会受影响。建设部《城市房屋拆迁估价指导意见》第三条规定，房屋拆迁评估价格为拆迁房屋的房地产市场价格。因此，拆迁补偿金不仅包含房屋所有权价值，还包含了土地使用权价值。
但是只持有单证的购房者，在拆迁过程中可能得不到关于土地使用权价值的相应补偿；而双证就可以获得相应的房屋价值赔偿以及土地价值赔偿。