人体微生态失衡就是正常的微生物群之间和正常微生物群与宿主之间的微生态平衡，在外环境影响下，由生理性组合转变为病理性组合状态。简单说，人体微生态失衡就是体内菌与菌的失调，或是菌与机体的失调，或是菌和机体的统一体与外环境失调，使人体从正常情况转为病态。
肠道微生态系统在人体微生态系统中是最主要的，在微生态学发展的早期，学者们所说微生态失调就是指肠道菌群紊乱。实际上，人体微生态平衡不单单局限在肠道，在人的皮肤、口腔、呼吸道、阴道也都有微生态环境，微生态失调影响整个机体健康。
导致人体微生态失调的原因有多方面，有关专家认为，这些原因造成的影响有些可能是一个累积的过程，不会立即导致人体患病，但人体微生态失调是导致亚健康的重要因素。