1、豆种携带细菌
选用豆子，选用全粒，无病豆子，浸种除去病虫害粒、凹版粒、碎粒等劣质豆种，然后用低浓度漂白粉和石灰水溶液洗涤种子，用热水熨烫种子，可杀死豆子表面的病菌，提高豆类活力，提高发芽率
2、容器消毒不严格
栽培容器除在种植前保持器皿和容器的清洁外，还必须在使用前进行严格的消毒，使用低浓度的漂白粉溶液或明矾溶液进行清洗和消毒。
3、高温或低温
豆芽适宜温度在20~25度之间，播种后发芽时，最适温度为18度，出芽后温度应在23度左右，在此温度范围内生长很快，也可减少腐烂芽。
4、不清洁的水质
建议使用干净的井水或溪水，严禁使用脏水或池塘水，井水和溪水清洁污染，冬暖夏凉，以利于豆芽的生长。浇水必须固定和定量，通常一次5次，新陈代谢就会被冲走