佩戴手串时，有着左进气右出气的说法，所以人们菩提手串戴在左手上比较符合传统。另外，菩提子是一种木质的手串，很容易吸附味道和滋生细菌。若刚用手摸过鱼肉或猪肉，是不可以触碰菩提手串的，否则容易使其串味和变脏。
菩提手串的讲究因为中国有左进右出的说法，所以去负能量较重的地方时最好戴右手，这样菩提手串可以排除负能量，保证人体不受负能量侵袭。如果去喜庆的地方则戴左手，可以吸收好运，增加自身的运势。
菩提是属于佛教的圣物，所以在佩戴菩提手串时最好不要喝酒吃肉，因为佛教是忌讳酒肉的。处理鱼肉或猪肉之前最好取下菩提手串，因为佛教忌杀生，手上如果沾染血液也不要触摸手串。
菩提手串在清洗时不能用水洗，因为菩提是种子，遇水会被腐蚀。如果需要清洗，用棉布沾上酒精擦拭即可，平时也可以使用婴儿润肤油涂抹在菩提手串上进行保养。