1. 氯：自来水中的氯的浓度超过0.02ppm，就可能对鱼类的黏膜产生强烈的腐蚀。如超过 0.1ppm，对有些敏感的鱼类便会造成致命的威胁。
2. 氨：异营性细菌广泛分布于自然界的各个角落，包括鱼缸。异营性细菌的排泄物中含有氨，氨对鱼类的毒害非常强，是亚硝酸盐的十倍。在浓度很低的水体中，可以使许多鱼类产生中毒症状，甚至死亡。
3. 亚硝酸盐：低浓度的亚硝酸盐会降低鱼类对疾病的免疫力，容易使鱼类患上各种疾病。同时会使鱼类血液的携氧能力逐渐丧失和一些代谢器官功能下降，亚硝酸盐的毒性会增强氨的毒性。
4. 硝酸盐：水体中硝酸盐没有办法被分解或转化，所以随着时间的增加和硝化系统的持续工作，硝酸盐在水中的浓度也会随之增加，容易导致鱼类硝酸盐中毒。
5. 硫化氢：在缺氧条件下，由残饵或粪便中的含硫有机物经厌氧细菌分解而产生，会麻醉鱼类和对鱼类呼吸方面产生危害。