1. 包装材料选择不当：月饼霉变的根本原因是包装袋内的氧气和水分的含量很高，且月饼的生产和销售又在高温季节。霉菌在有氧的情况下极易生长和繁殖，如果月饼包装袋的阻隔性能（阻隔氧气和水分）不好，外部环境中的氧气和水分会快速进入包装袋内，月饼就容易发霉。所以，选择合适的月饼包装材料很关键。此外在月饼包装袋内，一般采用除氧的方法防霉，方法是在包装袋内放一小包除氧剂。若除氧剂的量不够，或者质量差，月饼也易霉变。
2. 包装时间点控制不当：包装、封口都是在高温下进行。热的月饼等糕饼类食品，最好等冷透了再包装。若单个食品带温度包装后，不宜立即堆积，应冷透后再堆积。因为，带热包装的食品堆积，散热性不好，会促使细菌、霉菌生长。
3. 包装参数控制不当：月饼内包装生产设备热封条件工作参数的设置应随着塑料薄膜厚度、强度的变化，以及月饼加工速度的变化对应调整，但是，一旦月饼需求增大，或生产线上月饼出炉量较大时，往往会为了满足生产效率而无法适时调整生产参数，从而影响袋子热封效果，导致包装袋密封性下降，为月饼霉变留下隐患。