农业养殖用地办证申请流程如下：
1. 计划养殖者需持设施农用地建设方案及用地协议向所在地乡镇政府提出用地申请。
2. 乡镇政府依据设施农用地管理的有关规定对经营者提交的资料进行审查，符合要求的，由乡镇政府牵头，会同区国土、农业、畜牧、环保等部门及计划养殖者对项目用地进行现场踏勘，畜牧部门具体审核畜禽养殖场规模布局及畜禽种类是否符合畜牧规划要求，符合规定要求的，由乡镇政府报区政府审批。
3. 经区政府批准后，计划养殖者方可建设生产设施用地，而后经国土部门会同相关部门初验符合设计要求的，国土部门向经营者颁发设施农用地备案通知书，计划养殖者方准建设附属设施用地。
各地的流程可能会稍有不同，建议先去当地政府部门了解相关政策。