1.用药不规范
直肠滴入用药量大，用药不严格，到现在为止国家也没有提倡，也没有一个严格的标准可以执行，大家都是在乱用药物，口服的、静脉用的，只要是药物就都灌进去。大多数所谓的经验方药量都会超出口服或者静脉用药很多倍。
2.吸收量少
由于直肠黏膜皱褶少，无绒毛，液体容量小，吸收面积较小，药物吸收比较缓慢，进入血液循环的药量十分有限。
3.感染腹泻
直肠滴入不是一种安全、无菌的给药方式，肠道内含有很多细菌，有可能随着滴入液进入肠道深处，造成污染。
4.破坏肠道正常菌群
尤其是一些抗生素有可能杀灭肠道内的有益菌群，造成体内菌群失调，导致继发性感染而腹泻以及短暂的消化不良等。
5.长期使用损伤肠道
直肠有其固有的生理环境，长期或多次直肠滴入给药，会导致直肠黏膜、直肠的酸碱度，直肠壁的分泌吸收等生理功能和生理环境发生改变，损伤肠道。一些不正规的灌肠也可能对肠倒造成机械损伤。
6.出现药物过敏难以处理
用灌肠的方法治疗宝宝拉肚子，由于直肠吸收迅速，一旦出现药物过敏的情况，那就非常难处理。
7.导致酸中毒
长期的灌肠可以出现脱水以及电解质的紊乱。由于肠道是碱性环境，可以导致人体碱丢失过多出现酸中毒。