首先要对种子进行挑选，也就找一个干净的小盆，里面倒入清水，把香菜种子放进去浸泡24小时左右，这样饱满的种子就会沉底，也说明种子以吸收了充足的水分，这样的种子发芽率好，然后把漂在上面不好的种子和杂质都捞出来倒掉，留好的种子进行催芽。
在我们这里菜农们都是凭着自己的经验让香菜种子在适合它发芽的条件下进行催芽的。有的选择把井下催芽，也就是利用井水里的凉爽和湿度来满足香菜种子的发芽要求。将种子放在干净透气的湿布袋种，放入井下，让布袋与水面保持在7～8公分左右的距离中，注意要每天要用井水淋一次种子，然后再放回原位，这样大约有6～7天左右种子便会发芽了。
还有的人选择把种子放在冰箱里的恒温上进行发芽，这个方法也不错的，因香菜种子是喜欢在冷凉的恒温下发芽率高，所以就用适合它发芽的温度下发芽，这样就大大的提高了香菜种子的发芽率。