协议是主合同的从属合同，依附于主合同而成立。没有主合同，就不会产生补充协议，这是主合同与补充协议的基本关系。所以一般来说，补充协议效力优先于主合同，因为它形成于主合同之后，是对主合同的变更或补充。当补充协议的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。补充协议与主合同具有同等效力，而且由于其签订时间在后，补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第464条规定合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定;没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。