自然损失可以抵扣吗？

可以抵扣。

只有企业购进的货物发生非常损失（非经营性损失），以及将购进货物改变用途（如用于非应税项目、集体福利或个人消费等），才不予以抵扣。

对自然灾害造成损失的认定，原《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十一条明确，条例第十条所称非正常损失，是指生产、经营过程中正常损耗外的损失。