随着高密度、集约化、大规模水产养殖业的出现，鱼类疾病频繁爆发。目前国内治疗和预防鱼类疫病主要依赖抗生素和化学药物，鱼类疫苗的研究较为薄弱。
1. 注射：注射免疫接种最先发生在哺乳动物，共有两种方式，肌肉注射和腹腔注射。注射免疫为鱼类最常用的方式，具有注射剂量准确、可控、对环境影响不大等优点，普适于所有鱼类，其更适合实验室做小规模实验或高经济鱼类。但是该方法费时费力，可能会对鱼体造成一定的机械损伤，并且对鱼苗和较小的鱼类不适用，也不适合大规模养殖鱼类的生产免疫。
2. 浸泡：浸泡免疫接种是鱼类等水生动物所特有的一种免疫接种方法，是指将免疫对象放到含有一定浓度疫苗的溶液中浸泡一定时间，以达到对鱼体进行免疫的目的。鱼类可以通过鳃、粘膜、皮肤等扩散到外周血、头肾和脾脏等系统免疫组织进而产生系统免疫应答。
3. 口服：口服免疫是指是将疫苗等包封或生物载体等技术处理之后，以口服方式投喂含有免疫制剂的饵料或口灌，使疫苗进入鱼体的消化道，通过刺激鱼体肠道黏膜系统来产生免疫应答。口服免疫优点主要表现为，对鱼体造成机械损伤及应激性刺激较小、便于群体免疫、劳动强度小等优点。同时，由于是体内接种，还克服了浸泡免疫需要疫苗量大及环境条件对疫苗的影响，因此实际应用也比较广泛。
4. 后肠灌注：后肠灌注又叫肛门灌注，是指将疫苗通过肛门直接灌注到鱼体后肠的疫苗接种方式。肛门灌注和口服免疫一样，是由消化道粘膜组织摄入抗原，可以同时诱导粘膜和系统特异性免疫应答。