1. 缴费标准不同。一档：是以职工月工资总额的8.2%或7.2%的标准按月缴费，其中个人只需交2%，单位交6.2%或5.2%。二档：是以深圳市上年度在岗职工月平均工资为基数，缴费比较为0.8%，其中单位交0.6%，个人交0.2%。三档：也是以深圳市上年度在岗职工平均工资为基数，缴费比例为0.55%，其中单位交0.45%，个人交0.1%。
2. 住院报销待遇。一档和二档：在定点医院发生的医疗费用可按95%或90%报销。三档参保人在不同医院就医报销比例不同，在一级医院就医按85%报销，二级医院按80%报销，三级医院按75%报销。
3. 普通门诊待遇不同。参加一档的参保人，是有医保个人账户的，其账户余额可用于支付医疗费用，在杜康中心发生的费用70%由个人账户支付，30%由统筹基金支付。参加二档、三档的话则没有医保个人支付。若发生甲类药品、乙类药品，门诊统筹可按80%、60%报销。发生医保目录单项诊疗或医用材料可按90%报销，最高报销额度不超过120元。每年门诊医疗费的支付限额为1000元。