为满足市民支付习惯，上海市有轨电车已开通了微信、支付宝扫码购票功能。扫码支付服务已覆盖开通线路的全部车站。
有轨电车扫码付款流程与自动售货机付款流程类似，乘客在自动售票机上选择到达的车站和购票数量，在付款页面中，选择蓝色的扫码支付按钮，这时会出现付款二维码，使用支付宝扫描二维码，确认付款，售票机自动出票，完成购票。
使用扫码支付乘车无需用户充值，车费直接在支付宝账户扣除，扫码支付将解决“找零”与“公交卡充值不便”等出行问题，“出门不带卡，充值免排队”将成为松江市民乘坐有轨电车的常态。
建行上海市分行在209年1月份开始试行有轨电车试行刷脸支付新方式。