民间借贷纠纷案件的举证方式是：
1. 证明当事人诉讼主体资格的证据
(1)当事人为自然人的，应提交其身份证明资料，如身份证或户口本等。
(2)当事人为法人或其他组织的，应提交主体登记资料，如工商营业执照副本或由工商登记机关出具的工商登记清单、社团法人登记证等。
(3)当事人名称在诉争的法律关系发生后曾有变更的，应提交变更登记资料。
2. 证明借款关系存在的证据
借款合同、借款协议、借条、欠条、还款承诺书等。
3. 证明已偿还借款的证据
收条或各次还本付息的付款凭证。
4. 诉讼请求金额的计算依据
提供诉讼请求中关于要求计付本金及利息数额的计算清单，包括本金余额的计算清单、利息金额的计算清单等。
【法律依据】
《合同法》第二百一十一条规定:自然人之间的借款合同约定支付利息的,借款的利率不得违反国家有关限制借款利率的规定。