房产证性质为综合不是商业房，说明如下：
综合性质房屋，就是没定这房子最终的用途。按房屋用途性质分类，证上填写居住用房和非居住用房两种性质。不同用途性质的房屋应分别登记发证。
《城市规划法》实施后，经依法批准建设的房屋，房地产权初始登记房屋用途，应以城市规划管理部门核发的建设工程规划验收证明文件（连附图）所确定的建筑物各部位具体用途为依据。申请房屋用途变更登记的，须持城市规划部门同意改变房屋用途的书面意见。
相关说明：
综合用房是指大型写字楼那种综合用房，指机关、企业、事业单位行政管理人员，业务技术人员等办公的业务用房，正向综合化、一体化方向发展。但不作为工业用地和物流存储。
从这个意义上讲，综合用房是指国家机关、企事业单位用于办理行政事物或从事业务活动的建筑物，其使用者包括营利性的经济实体和非营利性的管理机构，是随着经济的发展，为满足公司办公、高效率工作需要而产生的。