新生儿拉肚子的临床表现，由于病原不同，病情表现和严重程度不一，轻型病例主要表现为一般消化道症状，腹泻一日数次至十次左右，可伴有低热、吃奶差、呕吐、精神稍萎靡、轻度腹胀、不安等，可出现轻度脱水及酸中毒。
重型病例或为急性起病，较为严重，或由轻型发展而成，腹泻一日十次以上，全身症状较重，可有明显发热或体温不升，拒食、呕吐、腹胀、尿少、失水或不安，四肢发凉，皮肤发花，可于短时期内出现脱水、酸中毒及电解质紊乱。
新生儿尤其是早产儿发生酸中毒时，较少出现典型的呼吸深长、口唇樱红，常表现为精神极度萎靡、反应差、口鼻周围发绀、面色苍白或发灰，皮肤花斑、四肢发凉等，应引起重视，有并发症时症状可更严重。