土地纠纷的实质是土地权属纠纷，即是指对土地所有权和使用权的争议，它包括农地、山地、草原、水域等因所有权和使用权受到侵害而引起的争执，权属纠纷发生的原因如下：
1. 土地改革和合作化时留下来的土地权属未定，地界无明显的标志或土地证上规定得不够明确。
2. 公社化时期体制调整，新划地界不清或调整不合理，协议书订得不明确。
3. 历史原因遗留下来的土地瓜葛问题，还有因土地的征用以及承包等引起的所有权和使用权的变更而产生的权属争议。
4. 因行政区划变更，原社队之间以及社队与国有土地之间因插花地互越地界以致地界不清的土地。
5. 因移民开荒，侵占他队的荒山、荒坡、荒地和原权数不清的公共土地。
6. 乡镇集体企业建设用地，由于过去没有具体规定，需要重新给予核定。
总而言之，土地使用权的纠纷主要是由于地界不清、土地权属紊乱、政策和体制的变更，以及其他历史遗留问题等。