职工报销医药费根据不同的部门，计入相应的会计科目中。管理行政部门等发生的医药费，计入管理费用科目；业务部门发生的医药费，计入销售费用科目；生产部门等发生的医药费，计入制造费用科目。
企业应当在实际发生时根据实际发生额编制分录：
借：制造费用、管理费用、销售费用等
贷：应付职工薪酬——职工福利费
借：应付职工薪酬——职工福利费
贷：库存现金/银行存款
若企业未参加医疗统筹(社保)，员工报销的个人医药费可以列入职工福利费，按规定在企业所得税税前扣除；若企业已参加医疗统筹(社保)，在缴纳医疗保险费之外又给员工报销医疗费用，不能在企业所得税前扣除。