1. 培养方向不同：学术型硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位。专业型硕士是国家为了克服学术型硕士的不足新增的一种新硕士，培养的是现在市场紧缺的应用型人才。
2. 招生条件不同：专业型硕士需要一定的工作经历，学术型硕士则不需要报考者有一定年限的工作经历，应届生可以报考。
3. 招生考试不同：学术型硕士的招生考试只有年初的“统考”，而统考以外的专业考试则由各招生单位自行命题、阅卷。专业硕士的招生考试有10月份的“联考”和年初的“统考”两次机会，考生可以自行选择。
4. 学习方式不同：学术型硕士为全日制学习。一般为3年。专业硕士为脱产全日制学习，学制2到3年。
5. 文凭颁发不同：学术型硕士同时颁发学位和学历证书。专业硕士10月份单独考试颁发学位证书，1月份考试同时颁发学位和学历证书。