1. 由于刚刚从睡眠中醒来，内脏和肌肉以及各系统都处于较静态的模式，此时进行跑步，容易在晨跑中导致机体伤病。
2. 清晨是心脑血管疾病的高发期，睡眠时期血压降低，同时，一晚没有摄入水分，血液浓稠度也增加，进行晨跑有风险。
3. 空气质量差，导致晨跑的环境让人担忧。晨跑这个时间段，陆地上的大气中有许多如烟尘、苯等污染物沉淀，加上二氧化碳浓度高，跑步者大量吸入会对身体健康造成损害。
4. 并不是人人都适合晨跑。对于有氧基础不够发达的跑友来说，晨跑后不是精神奕奕的上班工作，而是容精神倦怠，更有甚者跑完后感觉要睡回笼觉才能恢复。