想要除掉鱼缸中的蛋白虫，这个时候可以将鱼儿捞出来，然后将鱼缸用高锰酸钾彻底消毒，之后将鱼缸清洗干净之后，再放入鱼，这样可以清除蛋白虫。
如果鱼缸的过滤系统不好，很容易出现蛋白虫，这个时候就要加强过滤了。如果数量比较少，可以用开水烫一下滤材，如果数量比较多，这个时候需要全面清洗过滤设备，其中生化棉和过滤棉都要换新的，也可以用高锰酸钾给过滤设备消消毒。
鱼缸的蛋白虫如果比较多，这个时候大部分是因为水太肥，平时喂的饵料太多，这个时候可以减少投喂的用量，甚至可以几天喂一次，每次要喂到七八分饱，注意观察鱼儿的情况，食欲不强的时候就可以停喂了。
如果这些方法都不管用，这个时候可以用药物消灭蛋白虫，市面上有很多售卖的清理蛋白虫的药物，这个时候买回来，按照说明书上操作，之后将鱼缸用常规的方法消毒，之后再将鱼儿放入鱼缸中，这样蛋白虫就可以彻底消失了。