1. 不宜长期服用。胖大海是一种中药材，药性甘凉，有小毒。长期服用胖大海可能会导致脾胃虚弱，饮食减少，身体瘦弱等，建议症状消失后即停服胖大海柠檬水。
2. 不与海鲜同食。如虾、蟹、海参等海产品，因为海产品中含有丰富的蛋白质和钙，而柠檬中的果酸含量丰富，两者同食会导致蛋白质凝固，果酸还会和钙结合生成不易于消化的物质，从而降低营养价值，甚至导致肠胃不适，所以胖大海柠檬水不宜与海产品同食。
3. 不与胡萝卜同食。柠檬中的维生素C含量丰富，而胡萝卜中含有抗坏血酸酵酶，两者同食会破坏柠檬中的维生素C，所以胖大海柠檬水不宜与胡萝卜同食。