途经连云港市、灌云县、灌南县、涟水县、淮安市（清河区、淮安区）、宝应县、高邮市、扬州市（江都区、广陵区）、镇江市（镇江新区）等县市（区）。
灌云共有站台2座，到发线4条，途经线路为连镇铁路。连镇铁路地处我国东部沿海地带，位于江苏省南北纵向中轴线上。线路北起连云港市，沿宁连高速公路引入淮安市，与京杭运河、京沪高速公路并行，向南经苏中扬州市，跨长江后止于苏南镇江市，正线全长304.537公里，总投资464亿元。全线共设车站（线路所）16座。
灌云站还包含汽车客运站、交通指挥中心和公交首末站、出租车蓄发区、社会停车场、站前广场和地下停车场等场站设施，各交通服务功能区通过地下通道或地面风雨连廊等设施相互联系，实现多种交通运输方式的“无缝”对接和出行旅客的零距离换乘。