劳动者和用人单位建立劳动关系，员工恶意投诉企业带来负面影响，用人单位不可以拒发劳动者的合法工资，用人单位可以要求劳动者承担相关赔偿责任。因劳动者本人原因给用人单位造成损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
员工恶意举报公司的，除了民事上承担责任外，还有可能构成刑事犯罪，《刑法》第221条规定，损害商业信誉、商品声誉罪是指捏造并散布虚伪事实，损害他人的商业信誉、商品声誉，给他人造成重大损失或者有其他严重情节的行为。犯本罪的，处二年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
因此，员工恶意举报公司，公司可以要求其赔偿损失，甚至承担刑事责任。