1. 概念不同：免职，指依法享有任免权的机关按照法律或制度规定免去公职人员所担任的职务。需要注意的是：免职只是意味被免职人不再担任原职务，一般不具有惩罚性，所以公职人员正常的职务调动会用到此词；触犯法规的公职人员往往也用到此词，他们因为当时不适任原职所以或是职务调动或是事后再担任原职，故“免职”并非一般人所认为的“撤职”。
2. 停职：停职是指暂时停止其履行的职务，接受调查或者审查。严格来说停职检查还不算处分，还属于检查阶段，怎么处分，是检查之后的事。
3. 性质不同：免职一般不具有惩罚性，其适用于包括因调任其他工作、轮岗交流、任职期满、退休等因素而引起的免除其所任职务的行为。
4. 停职：停职是一种惩罚性行为，表明被撤职人员有重大过错，如违纪工作严重失误，甚至是有违法行为等。撤职与撤销党内职务、撤销行政职务的党纪政纪处分有所不同，人大及其常委会集体行使权利，一旦撤销某官员的职务，没有复议、申诉、诉讼等救济途径，只能当一般公务员。因此，停职是各级人大及其常委会行使人事任免权的一种最严厉的监督手段。