来源不同
熟地黄：原材料来自于玄参科，地黄属植物的块根—生地黄，然后再由生地黄蒸制而成的加工品。
何首乌：何首乌分为生首乌和制首乌两种，日常我们经常见到的是制首乌，它是由蓼科植物何首乌的干燥块根加工炮制而成。
外形不同
熟地黄：呈不规则块状，大小不一，内外均是漆黑色，有光泽，外表面皱缩不平。断面滋润，中心部可见光亮的油脂状块，粘性大，质地柔软粘腻。
何首乌：制何首乌呈不规则皱缩状的块片，厚约1cm，表面为黑褐色或棕褐色，凹凸不平，质地较为坚硬，断面角质样，颜色为棕褐色或黑色。
味道不同
熟地黄：熟地黄闻起来气味轻微，放入口中味道甜腻，稍带苦味。
何首乌：何首乌闻起来气味轻微，放入口中大多为苦涩味，微带甜味。
功效不同
熟地黄：具有补血滋阴，益精填髓的功效，常用于治疗血虚诸症和肝肾阴虚诸症，如血虚萎黄，月经不调，崩漏下血，腰膝酸软、潮热盗汗，阳痿遗精等。
何首乌：制何首乌具有补肝肾，益精血，乌须发，强筋骨的功效，可以用于治疗血虚萎黄、眩晕耳鸣、须发早白、腰膝酸软等症；生何首乌具有解毒消痈，润肠通便的功效，可以用于治疗疮痈肿毒，肠燥便秘等症。
营养成分不同
熟地黄：其中含有辛醇、地黄素、甘露醇和少量的环烯醚萜类等成分。
何首乌：其中含有蒽醌类化合物，大黄素、大黄酚、大黄素甲醚、大黄酸、大黄酚恩酮等。