通行费电子普通发票可以抵扣。取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单的,为按照下列公式计算进项税额:航空旅客运输进项税额=(票价+燃油附加费)÷(1+9%)×9%。
法律依据：
《财政部税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》第七条
自2018年1月1日起，纳税人支付的道路、桥、闸通行费，按照以下规定抵扣进项税额：
（一）纳税人支付的道路通行费，按照收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额抵扣进项税额。
2018年1月1日至6月30日，纳税人支付的高速公路通行费，如暂未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，可凭取得的通行费发票（不含财政票据，下同）上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：
高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷（1+3%）×3%。