1. 源于姬姓，出自春秋时期秦国上卿由余之后。由余是周携王姬余臣（字伯服）的子孙（另一说是晋国姬叔虞之后），在出使秦国时，秦穆公见其有才，于是用计留作己用，任其为上卿。由余在任期间，为秦穆公制定攻讨西戎蛮族的策略，助秦灭西戎十二国，使之拓地千里。由余的后人以其名作为姓氏，称由氏和余氏。
2. 源于姒姓，出自上古禹帝的小儿子姒罕，属于帝王赐姓为氏。大禹有妻涂山氏，据《姓氏考略》记载：“传夏禹之后有余氏”。禹生有三子，大儿子启，继禹而为天子。次子宰，被封为显。三子空，又名罕，被封为余度王，其后以封地为氏，称余氏。
3. 源于地名，出自蜀道褒斜栈道（褒斜亦称褒余），属于以居邑名称为氏。李白在著名的《蜀道难》中对褒余栈道有明确的描述。世代居于褒余栈道沿途之民众工匠、驿站官吏、商家栈伙等，其中以陕西汉中一带秦姓为主的流民，皆有居地名称为姓氏者，称褒余氏、褒斜氏，后省文简化为单姓褒氏、余氏、斜氏，余氏读音作xié（ㄒㄧㄝˊ）。